برنامه های کاربردی جدید به محققان در تجزیه و تحلیل آماری داده ها کمک می کند

این نشانه ای از زمان است: یک فروشگاه برنامه برای علاقه مندان به omics. تا پایان سال 2024، پورتال تجزیه و تحلیل Multi-Omics (MAP) یک فروشگاه یک مرحله ای برای برنامه های کاربردی رایانه ای خواهد بود که قادر به درک داده های omics گسترده و متنوع هستند. ژنومیکس، پروتئومیکس، لیپیدومیکس، ترانس کریپتومیکس – همه خوش آمدید.

لیزا برامر، دانشمند داده و کلی استراتون، آمارشناس زیستی، از آزمایشگاه ملی شمال غرب اقیانوس آرام (PNNL) و آزمایشگاه علوم مولکولی محیطی، چند سال پیش توسعه این فروشگاه را آغاز کردند. این تیم تاکنون دو نسخه بتا از دو اپلیکیشن منتشر کرده است و انتظار دارند تا پایان سال چهار نسخه دیگر را اضافه کنند.

برامر گفت: «ما در حال تلاش برای ایجاد چیزی هستیم که در دسترس و مقیاس پذیر باشد. “هدف این نیست که هر بار که نیاز به ادغام یک ابزار جدید، ابزار جدید یا فناوری جدید داریم، به یک برنامه بزرگ قابلیت ها اضافه کنیم، بلکه می توانیم این برنامه های کوچکتر و کوچکتر را ایجاد کنیم و همه آنها را در یک مکان قرار دهیم تا محققان بتوانند دریافت داده زودتر و اغلب در دسترس است.”

Sneha Couvillion، محقق زیست پزشکی در PNNL، کاربر اولیه و طرفدار فروشگاه MAP است.

Couvillion گفت: “من آن را دوست دارم. این یک ابزار عالی برای افراد غیر آماری مانند من است تا تجزیه و تحلیل آماری اولیه داده های شما را انجام دهند.” او می گوید که این به ویژه برای مطالعات کوچکتر مفید بوده است، جایی که می خواهید قبل از تصمیم گیری در مورد چگونگی ادامه، به سرعت به داده ها نگاه کنید.

او می افزاید: “در دانشگاه… داشتن تیمی از آمارشناسان زیستی عادی نیست. این یک لوکس است که ما در PNNL داریم.” او می گوید، اما حتی با وجود تیمی از آنها، می توان از صف تجزیه و تحلیل داده ها پشتیبان تهیه کرد. با استفاده از MAP و برنامه‌های کاربردی آن، محققان اکنون می‌توانند هر زمان که بخواهند به عمق داده‌ها بپردازند. اگر آنها نیاز به تجزیه و تحلیل اضافی دارند، می توانند از یک آمارشناس زیستی برای کمک استفاده کنند.

برامر می گوید: «این یک بهبود فرآیند و همچنین مجموعه ای از ابزارها است. “معمولاً، آزمایش‌ها از طراحی به میز تا ابزار دقیق و تجزیه و تحلیل داده‌ها انجام می‌شود، و محقق داده‌ها را نمی‌بیند تا زمانی که آمارشناس زیستی بتواند آن را با آنها بررسی کند.”

با استفاده از PMart، یک برنامه کاربردی در MAP، تنها نیم ساعت طول می کشد تا Couvillion از داده های خام به آمار نهایی با استفاده از یک مجموعه داده ساده برود. این به آن اجازه می‌دهد تا بر روی اطلاعات تأمل کند و مراحل بعدی را تعیین کند، معمولاً به آزمایش بسیار بزرگ‌تری می‌رود که به لطف داده‌های خام دقیق‌تر طراحی شده است.

در طول سال‌ها، تجسم افزوده مهمی به تجزیه و تحلیل داده‌ها بوده است. برخی از افراد در لیست ها یا ردیف های متن پیشرفت می کنند در حالی که برخی دیگر تصاویر را ترجیح می دهند. قبل از تجسم، دومی ها در بالای جدول بودند و (به احتمال زیاد) در درک داده های خود مشکل بیشتری داشتند.

ابزار PMart برای پردازش omics عمومی و انواع داده های اضافی با پشتیبانی از برنامه تحقیق و توسعه آزمایشگاهی PNNL گسترش یافته است. این ابزار اکنون کنترل کیفیت را انجام می دهد و داده ها را برای مقایسه های آماری آماده می کند. همچنین شامل تجسم های خلاصه با استفاده آسان است – که همه آنها را می توان به صورت جداگانه دانلود و برای گزارش ها ذخیره کرد، و همچنین شامل دستورات ریاضی است که یک آمارگر می تواند تولید کند. این به ویژه برای هر کسی در جامعه علمی که از برنامه‌های کاربردی در MAP استفاده می‌کند، اما می‌خواهد یا نیاز دارد که با یک آمارگیر یک قدم بیشتر تحلیل کند، مفید است.

علاوه بر این، برنامه ها می توانند داده ها را بین یکدیگر برای تجزیه و تحلیل اضافی انتقال دهند. به عنوان مثال، PMart می تواند انواع داده هایی را تولید کند که وارد برنامه دومی به نام MODE می شوند.

MODE در یافتن روندها و ایجاد نمایشگرهای بصری تعاملی استثنایی است. بر خلاف نمودارهای خلاصه سنتی مانند تجزیه و تحلیل اجزای اصلی، که می تواند از نشان دادن اطلاعات و نتایج مهم غفلت کند، MODE تصویری دقیق از هر زیست مولکول اندازه گیری و تجزیه و تحلیل شده ارائه می دهد و به اولویت بندی نتایج برای تحقیقات کاربر کمک می کند.